Sağlık Kurumlarında Sıklıkla Kullanılan Dezenfektan Ve Antiseptiklerin Çeşitli Nozokomiyal Patojenlere Karşı Antimikrobiyal Etkinliklerinin Belirlenmesi Danışman TÜBİTAK PROJESİ
Vulvovajinal Kandidiyazisin Etkenlerine Karşı Farklı Uçucu Yağların İn-Vitro Antifungal Etkinliklerinin Belirlenmesi Ve Kombinasyonel Kullanımda Etkileşimlerinin Ortaya Konması Danışman TÜBİTAK PROJESİ
Periodontitisin yaşlanma ile ilişkili olarak gelişen kronik enflamasyon ve ağız ve bağırsak mikrobiyotasına olan etkisinin incelenmesi ve bir anti-enflamatuvar ajan olan Resolvin E1’in etkilerinin ortaya konulması Yaşlanma ile birlikte enflamasyonu düzenleyen mekanizmaların bozulduğu bilinmektedir. Yaşlanmaya bağlı olarak ortaya çıkan enflamatuvar bozulma ve immün sistemde meydana gelen düzensizlik, enfeksiyon yokluğunda bile yaşlı insanlarda dolaşımdaki proenflamatuvar sitokinlerin ve akut faz proteinlerinin yüksek seyretmesine neden olmaktadır. Yaşlanmaya bağlı kronik enflamasyon ve bunu yarattığı sonuçlar “inflammaging” olarak isimlendirilmiştir. İlgili kronik enflamasyonun, daha fazla iltihaplanma ve daha fazla doku hasarı ile sonuçlanan bir döngüye neden olduğuna ve sonuç olarak da romatoid artrit, aterosklerozis, periodontitis ve demans gibi yaşa bağlı hastalıklara yatkınlık oluşturduğu düşünülmektedir. Yaşlanmaya bağlı olarak immün sistem hücrelerinde görülen fonksiyon bozukluklarının periodontal hastalık gelişimine neden olabileceği düşünülmekte, ancak immün modülatörler düzeyinde yaşlanma ile ilişkili kapsamlı bilgi bulunmamaktadır. Buna ek olarak, periodontitisin inflammaging ve doku hasarına etkisini inceleyen bir çalışma da bulunmamaktadır. İnsan vücudundaki en kompleks ikinci mikrobiyomu içeren oral kavitede, insan hayatı boyunca mikrobiyal kompozisyonda değişiklikler meydana gelir. Yaşlanma ile oral mikrobiyom ilişkisini araştıran çalışmalar az sayıda olup çalışmalar filum ve cins düzeyinde veri sağlamakta, tür düzeyinde detaylı veri içeren çalışmalar bulunmamaktadır.
Enflamasyonun söndürülmesi, özelleşmiş prorezolüsyon mediyatörleri(SPM'ler) olarak adlandırılan spesifik lipid mediyatörlerle düzenlenen aktif bir süreçtir. Resolvin E1(RvE1) SPM’ler arasında yer almakta olup, enflamasyona cevaben seviyesi yükselmekte, iltihaplanma sürecinin zararlı etkilerini tersine çevirdiğini gösteren çalışmalar bulunmaktadır. Bunun yanında, yaşlanma ile sentezinin azaldığını gösteren çalışmalar da mevcuttur.
Tüm bu bilgiler ışığında çalışmamız, yaşlanmanın kronik enflamasyon (inflammaging), immün modülatörler, lokal ve sistemik mikrobiyom üzerindeki etkisinin ortaya konması amacıyla planlanmıştır. Bu amaçla, genç ve yaşlı farelerde uygulanacak deneysel periodontitis sonrasında elde edilecek ligatürler üzerindeki dental plak, serum numuneleri ve dışkı örnekleri kullanılarak ağız ve bağırsak mikrobiyomunda meydana gelen değişiklikler yeni nesil dizileme(NGS) ile incelenecektir. Yaşlanma ile periodontal hastalık gelişimi ilişkisi dolaşımdaki sitokinler düzeyinde multipleks analiz ile araştırılacak ve periodontal hastalığın oral ve sistemik mikrobiyoma etkisi belirlenecektir. Son olarak, bir anti-enflamatuar lipid mediatorü olan RvE1’in yaşlanma ile ilişkili periodontal hastalıkta immunolojik ve mikrobiyolojik parametreler üzerindeki etkisinin ortaya konması amaçlanmıştır. Yürütücü TÜBİTAK PROJESİ
Osseointegrasyon kabiliyeti iyileştirilmiş diş implant aktif yüzeylerinin imalatı ve karakterizasyonu Diş implanları yüzey geliştirme Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Hashimoto Tiroiditi Olan Hastalarda Oral Mikrobiyotanın Eser ve Toksik Elementler ile İlişkisi Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Larinks kanserli hastalarda, oral mikrobiyota ve uzun kodlamayan RNA’ ların ilişkisinin incelenmesi Larinks kanserli hastalarda, oral mikrobiyota ve uzun kodlamayan RNA’ ların ilişkisinin incelenmesi Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Oral kavite kanserlerinde, biyobelirteç olarak oral mikrobiyota ve miRNA kullanımının incelenmesi Oral kavite kanserlerinin gelişiminde karsinogenez mekanizmalarında ayrı ayrı rolleri olduğu düşünülen oral mikrobiyota ve miRNA’ların çalışmamız ile hem ayrı ayrı hem de birbirleri ile olan ilişkileri araştırılacak ve kanser oluşumuna etkileri irdelenecektir. Böylelikle insidansı diğer anatomik bölge kanserlerinden farklı olarak halen artış gösteren ve bu nedenle önemli halk sağlığı problemi olan bu kanserlerin erken tanısında bu parametrelerin biyobelirteç olarak kullanılabilirlikleri incelenecektir. Ayrıca çalışma ve kontrol grubumuza ait dental indeks verileri incelenerek bu verilerin oral mikrobiyota ve miRNA durumlarına göre değişimleri kontrol edilecektir. Ülkemizde ve dünyada yapılan diğer çalışmalarda oral mikrobiyota, miRNA ve GI /PI gibi dental indeks durumlarının oral kavite kanserlerinin gelişiminde görevini birlikte inceleyen bir araştırma bulunmaması çalışmamızın özgün değerini ortaya koymaktadır. Yürütücü Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Orofarinks, Hipofarinks, Nazofarinks ve Larinks Kanserli Hastalarda Oral Mikrobiyota ve Mirna İlişkisinin İncelenmesi Orofarinks, Hipofarinks, Nazofarinks ve Larinks Kanserli Hastalarda Oral Mikrobiyota ve Mirna İlişkisinin İncelenmesi Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Salmonella enterica kökenlerinin virulans faktörleri ile antibiyotik direncinin moleküler olarak incelenmesi ve kökenler arasındaki klonal ilişkilerin belirlenmesi Salmonella’lar besin ve su kaynaklı enfeksiyonlara yol açan önemli insan ve hayvan patojenleridir. Sıklıkla gastroenterit olgularında etken olan kökenler, altta yatan hastalığı olanlar ve immunsupresif ilaç kullanan hastalarda ciddi sistemik enfeksiyonlara ve ölümlere yol açabilmektedir. Bu nedenle Salmonella’ların virulansında etkili olan faktörlerin genetik boyutunun araştırılması önem kazanmıştır. Son yıllarda ortaya çıkan çoklu ilaç dirençli kökenler ise antibiyotik direncinde etkili olan genlerin araştırılmasının önemini ortaya koymaktadır. Günümüze kadar farklı ülkelerde Salmonella’ların taşıdığı virulans ve antibiyotik direnç genleri üzerine yapılmış çalışmalar bulunmaktadır (1-5). Özellikle klinik örneklerden izole edilen kökenlerde virulans faktörlerinin yüksek oranda bulunması ve antibiyotik direnç genlerinin yayılımının yıldan yıla artması endişe vericidir. Antibiyotik direnç genlerinin sıklıkla horizontal gen transferi yoluyla aktarıldığı bilinmektedir. Daha önce Salmonella kökenlerinde bulunmayan Enterobacteriaceae’nin diğer üyelerinde görülen plazmitlerin günümüzde Salmonella’larda da görülüyor olması ileride gelişebilecek yeni antibiyotik direnç paternlerinin tahmini için bu alanda yapılacak araştırmaların önemini göstermektedir (4,5). Toplumda sık görülen kökenlerin belirlenmesi, antibiyotik direncinin kökenler arasındaki akrabalık ilişkilerine etkisinin gösterilmesi ve salgınların değerlendirilmesi için sürveyans sistemlerinin kurulmasının gerekliliği bilinmektedir. Bu amaçla pulsed field jel elektroforezi altın standart olarak kabul edilmek üzere birçok moleküler teknik uzun yıllardır kullanılmaktadır (6). 2009-2012 yılları arasında Edirne ve çevresinden klinik örneklerden izole edilen 50 adet Salmonella enterica kökeninin klasik virulans faktörleri moleküler yöntemlerle incelenerek, bakterinin hastalık yapma yeteneğinin genetik boyutunu araştırmak, daha önce antimikrobiyal direnci otomatize sistemlerle araştırılan bu kökenlerin antimikrobiyal direnç genlerini araştırmak bu sayede direnç açısından fenotip- genotip ilişkilendirmesi yapmak, direnç gelişmesinde en önemli faktörlerden biri olan kökenler arasında plazmitlerin bulunma oranının polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı replikon tiplendirmesi ile araştırılması ve son olarak da tüm bu kökenler arasındaki genetik çeşitliliği ve klonal ilişkiyi moleküler tekniklerde altın standart kabul edilen pulsed field jel elektroforezi ile ortaya koymak bu tezin amacını oluşturmaktadır. Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Edirne ve çevresinden klinik örneklerden izole edilen Salmonella suşlarının moleküler yöntemlere göre gruplandırılması ve antibakteriyel direnç durumlarının belirlenmesi Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama merkezine 2009 – 2013 yılları arasında gastroenterit şikayeti ile başvuran 105 adet hastaya ait klinik örneklerden izole edilen ve -800C’de saklanan Salmonella kökenlerinin önce sıvı sonra katı besiyerine kültürleri yapıldı. Konvansiyonel serotipleme ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonu ile kökenler A, B, C1, D ve E olmak üzere beş serogrup altında toplandı, D en sık rastlanan serogrup olarak bulundu . Kökenler aynı zamanda VITEK 2 otomatize sistem ile antibiyotik duyarlılık testinlerine tabi tutuldu, 4 yılda antibiyotik direncinin arttığı görüldü. Çalışmamıza göre multipleks polimeraz zincir reaksiyonunun Salmonella kökenlerinin ayrımında güvenilir ve tekrarlanabilir bir yöntem olduğuna karar verildi.
Anahtar kelimeler: Salmonella, serogrup, moleküler teknik, duyarlılık Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
