miRNA Moleküllerinin Meme Kanseri Teşhisinde Biyobelirteç Olarak Araştırılması Araştırmacı Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
SHERLOCK METODU İLE COVID TANI KİTİ ÜRETİMİ Yürütücü Özel Kuruluşlar
BRAF Mutasyonlu Malign Melanoma Tedavisi İçin Yazılım Destekli Aptamer Hedefleme Çalışması Malign melanoma, hücrelerin kontrolsüzce çoğalması ile sonuçlanan agresif bir cilt kanseri türüdür. Bu kanser tipi, erken evrelerdeyken belirti göstermeyebilir. Malign melanomayı tehlikeli yapan etmenlerden biri, sahip olduğu yayılma hızı ve diğer organlara metastaz yapabilme eğiliminin fazla olmasıdır. Ayrıca bu kanser türü, diğer cilt kanserlerine kıyasla kemoterapiye karşı dirençli olabilme özelliğine sahip olduğundan tedavi seçenekleri de oldukça sınırlıdır. Günümüzde malign melanoma tedavisinde cerrahi müdahaleye ek olarak Temozolomide, nab-paclitaxel, Vemurafenib, Paclitaxel, Cisplatin ve Carboplatin gibi kemoteröpatik tedaviler kullanılmaktadır. Fakat cerrahi müdahalenin tek başına risk taşımasının yanı sıra kemoterapik ilaçlar da malign melanoma için yetersiz kaldığı durumlar söz konusudur. Kemoterapik tedavinin yetersiz kalmasındaki en büyük etken, melanoma hücrelerinin diğer kanser hücreleriyle kıyaslandığında tepkisinin daha az olmasıdır. Bunun dışında kemoterapinin yan etkilerinin fazla olduğu bilinmekte ve malign melanom gibi agresif kanser türlerinde kesin çözüm olmayabilmektedir. Malign melanomanın temelinde yatan problemlerden birisi BRAF geninde meydana gelen mutasyonlardır. BRAF mutasyonu, melanoma hücrelerinde agresifleşmeye ve tedaviye direnç göstermesine sebep olmaktadır. Bu nedenle bu proje ile önerilen çözüm önerisi, malign melanoma tedavisi kapsamında geleneksel yöntemlere alternatif bir seçenek sunarak yazılım yardımıyla daha inovatif bir yaklaşım geliştirmektir. Bu yazılımın amacı BRAF proteinin 3D yapısı veya protein sekansını işleyip analiz ederek, BRAF-MEK bağlanma bölgesini hedef alacak bir aptamer geliştirmesidir. Algoritma MAP kinaz sinyalizasyonunu inhibe ederek etkili bir inhibitör olacak aptamer tasarımı sağlayacaktır. Bu aptamer, malign melanoma hücrelerindeki agresif büyüme sürecini hedef alacağından, bu konuda daha spesifik tedaviler elde etmeyi kolaylaştıracaktır. Geliştirilecek olan tedavi stratejisinde, algoritma laboratuvar çalışmaları ile destekleneceği için elde edilen verilerin gerçek dünyaya entegrasyonu daha mümkün olacaktır. Projenin başarıyla tamamlanması durumunda, malign melanom tedavisi için laboratuvar çalışmalarından elde edilecek bu bulgular, oluşturulacak tedavinin stratejisinin klinik olarak potansiyelini belirlemenin yanı sıra gelecekteki klinik çalışmalarda da sağlam bir temel oluşturacaktır.
Bursiyer Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi
Gastrointestinal Kanser Hastalarının Tedavi Sürecinde Yaşam Kalitesini Artıran Bitkisel Destekli, Doğal ve Freeze-Dry Fonksiyonel Gıda Ürünlerinin Geliştirilmesi Proje, gastrointestinal kanser hastaları başta olmak üzere, tedavi süreçlerinde özel beslenme gereksinimlerine ihtiyaç duyan bireylere yönelik olarak, dondurarak kurutma (freeze-dry) teknolojisi ile üretilmiş, bitkisel ekstrelerle biyolojik ve fonksiyonel olarak zenginleştirilmiş kişiselleştirilmiş hazır gıdalar geliştirmeyi amaçlamaktadır. Bu doğrultuda hazırlanan ürünler; hastaların bağışıklık sistemini güçlendirmek, inflamasyonu azaltmak ve sindirim sistemini rahatlatmak üzere optimize edilmiş, bilimsel literatür ve klinik verilerle desteklenen bitkisel ekstreleri içermektedir. Projede kullanılan freeze-dry yöntemi, gıdaların besin değerlerini ve biyoyararlanımlarını maksimum seviyede koruyarak ürünlerin doğallığını muhafaza etmekte ve raf ömrünü kimyasal katkılara gerek duymadan önemli ölçüde artırmaktadır. Ayrıca kişiselleştirme yaklaşımı sayesinde, hastaların bireysel sağlık durumları ve tedavi protokolleri doğrultusunda özelleştirilmiş besin içerikleri ve dozajları belirlenerek etkin bir beslenme desteği sağlanmaktadır. Böylelikle, projenin temel hedefi; gastrointestinal kanser hastalarının klinik beslenme ihtiyaçlarını, günlük yaşamlarında pratik bir kullanım imkânı sunan, güvenilir, bilimsel olarak desteklenmiş ve doğal içeriklerle formüle edilmiş ürünlerle karşılayarak, hastaların tedaviye uyumlarını kolaylaştırmak ve yaşam kalitelerini somut biçimde artırmaktır. Yürütücü Diğer (Ulusal)
Cilt Kanseri Tedavisinde Kullanılabilecek Aptamer Algoritması Malign melanoma, hücrelerin kontrolsüzce çoğalması ile sonuçlanan agresif bir cilt kanseri türüdür. Bu kanser tipi, erken evrelerdeyken belirti göstermeyebilir. Malign melanomayı tehlikeli yapan etmenlerden biri, sahip olduğu yayılma hızı ve diğer organlara metastaz yapabilme eğiliminin fazla olmasıdır. Ayrıca bu kanser türü, diğer cilt kanserlerine kıyasla kemoterapiye karşı dirençli olabilme özelliğine sahip olduğundan tedavi seçenekleri de oldukça sınırlıdır. Günümüzde malign melanoma tedavisinde cerrahi müdahaleye ek olarak Temozolomide, nab-paclitaxel, Vemurafenib, Paclitaxel, Cisplatin ve Carboplatin gibi kemoteröpatik tedaviler kullanılmaktadır. Fakat cerrahi müdahalenin tek başına risk taşımasının yanı sıra kemoterapik ilaçlar da malign melanoma için yetersiz kaldığı durumlar söz konusudur. Kemoterapik tedavinin yetersiz kalmasındaki en büyük etken, melanoma hücrelerinin diğer kanser hücreleriyle kıyaslandığında tepkisinin daha az olmasıdır. Bunun dışında kemoterapinin yan etkilerinin fazla olduğu bilinmekte ve malign melanom gibi agresif kanser türlerinde kesin çözüm olmayabilmektedir. Malign melanomanın temelinde yatan problemlerden birisi BRAF geninde meydana gelen mutasyonlardır. BRAF mutasyonu, melanoma hücrelerinde agresifleşmeye ve tedaviye direnç göstermesine sebep olmaktadır. Bu nedenle bu proje ile önerilen çözüm önerisi, malign melanoma tedavisi kapsamında geleneksel yöntemlere alternatif bir seçenek sunarak yazılım yardımıyla daha inovatif bir yaklaşım geliştirmektir. Bu yazılımın amacı BRAF proteinin 3D yapısı veya protein sekansını işleyip analiz ederek, BRAF-MEK bağlanma bölgesini hedef alacak bir aptamer geliştirmesidir. Algoritma MAP kinaz sinyalizasyonunu inhibe ederek etkili bir inhibitör olacak aptamer tasarımı sağlayacaktır. Bu aptamer, malign melanoma hücrelerindeki agresif büyüme sürecini hedef alacağından, bu konuda daha spesifik tedaviler elde etmeyi kolaylaştıracaktır. Geliştirilecek olan tedavi stratejisinde, algoritma laboratuvar çalışmaları ile destekleneceği için elde edilen verilerin gerçek dünyaya entegrasyonu daha mümkün olacaktır. Projenin başarıyla tamamlanması durumunda, malign melanom tedavisi için laboratuvar çalışmalarından elde edilecek bu bulgular, oluşturulacak tedavinin stratejisinin klinik olarak potansiyelini belirlemenin yanı sıra gelecekteki klinik çalışmalarda da sağlam bir temel oluşturacaktır. Yürütücü Diğer (Ulusal)
Meme Kanseri Risk Analiz Kiti u proje, meme kanserinin erken tanısı ve tedavi sürecinin takibi için kan örneklerinden miRNA ekspresyon analizini gerçek zamanlı PCR yöntemiyle tespit edebilen yenilikçi bir sistem geliştirmeyi amaçlamaktadır. Geliştirilecek yapay zeka tabanlı yazılım ile elde edilen sonuçların doğruluğu artırılacak, hastaların risk durumu ve hastalık evresi hızlı bir şekilde belirlenebilecektir. Ayrıca, sistem sayesinde düşük maliyetli, hızlı ve erişilebilir bir tarama yöntemi sunularak Türkiye genelinde geniş kapsamlı bir meme kanseri veri havuzu oluşturulması hedeflenmektedir. Yürütücü Diğer (Ulusal)
Hızlı ve Doğru Sonuç Veren Hastalık Tanı Kiti Üretimi (LumineScience) Mikro RNA (miRNA), yaklaşık 21-23 nükleotidden oluşa tek zincirli bir RNA türüdür. Yapılan araştırmalarda 100'den fazla miRNA'nın kanser
belirteci olarak kullanılabileceği görülmüştür. Bu miRNA'ların bazıları meme kanseri ile yüksek ilişkiye sahiptir.
Örnek alınan kişinin kanından izole edilmiş RNA'lar cDNA'ya çevrilir ve özel tasarlanmış primerler eklenir. Bu primerler, uygun tasarlandıkları
miRNA dizilerine bağlanarak çoğaltılmalarını sağlar. Izotermal reaksiyon gerçekleştikten sonra SYBR Yeşil boya ile kantitatif PZR cihazı
kullanılarak gerçek zamanlı okuma yapılır.
Bahsedilen adımlar toplamda primerlerin tasarlanmasından başlayarak son prototip oluşumuna kadar 4 iş paketine bölünmüştür. İş paketleri
bünyesinde, gerekli yerlerde agaroz jel elektroforezi, spektrofotometre ve nanodrop ile reaksiyonların kalite ölçümleri gerçekleştirilecektir. Kitin
makul miktarda örnekle, ortalama 2 saatte sonuç verme kapasitesi olduğu ve %90 üzeri doğruluk sunabileceği öngörülmektedir. Tek bir kit içinde 5
farklı miRNA tespiti yapılabilecek olması, negatif ve pozitif kontrolleri kendi içinde bulunduruyor olması gibi özellikler sunduğu değer önerilerinden
bazılarıdır.
Üretilmesi planlanan, erken tanı ve risk tespitinde umut vadeden tanı kiti; yenilikçi, hızlı ve güvenilir yapısıyla sektörde kalıcı yer edinmeye aday bir
projedir. Araştırmacı -Tübitak 1512
